作者：杨冠骅        摄影：杨冠骅

      杀鱼爱德华氏菌(Edwardsiella piscicida)是一种重要的海洋动物病原菌，在世界海水养殖业特别是鲆鲽鱼类中造成重大的经济损失。

       2017年10月3日，美国微生物学会权威期刊mBio（2017,8(5): e01581-17）在线发表威尼斯官网的研究成果。科研人员利用转座元件构建突变株文库，使用突变株文库对大菱鲆进行腹腔感染，在感染的不同阶段进行回收突变株，利用高通量测序进行对文库中突变株的丰度变化进行检测。实验结果显示已知的三型和六型分泌系统在感染初期并非必需基因，而到感染后期成为条件必需基因。本研究的创新点在于对Tn-seq技术进行改进，开发出了多时间点的聚类分析方法(PACE, Pattern Analysis of Conditional Essentiality)。使用该方法，可以对突变株在多个时间点的动态变化过程进行分类，并在全基因组范围内评价每个编码基因（位点）对于该菌在体内感染过程的贡献。同时，利用已知减毒活疫苗靶点基因的动态模型，寻找到了新的优良候选疫苗靶点基因，为疫苗理性设计提供了新的思路。  

      此项研究中威尼斯官网生物反应器工程国家重点实验室为第一完成单位，博士研究生杨冠骅为论文的第一作者，青年教师王启要教授为论文的通讯作者。合作单位为海洋科学与技术国家实验室、美国哈佛大学和加拿大西部三一学院。在论文完成过程中受到张元兴教授的大力支持。本课题受到国家自然科学基金重点项目和863主题项目经费支持。

图A. 转座子突变株文库测序(Tn-seq)实验流程；

图B. 多时间点Tn-seq必须基因分析与聚类分析流程

文章信息：Yang G, Billings G, Hubbard TP, Park JS, Yin Leung K, Liu Q, Davis BM, Zhang Y, Wang Q*, Waldor MK. Time-Resolved Transposon Insertion Sequencing Reveals Genome-Wide Fitness Dynamics during Infection. mBio 2017, 8(5): e01581-17.